Add Vercel configuration for rewrites and build settings
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color: emerald
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## 审稿意见与解决方案
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<hr/>
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仅列出涉及到流程或数据方面的审稿意见及解决方案
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color: emerald
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title: 方法学描述不清与创新性未突出
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::title::
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# 方法学描述不清与创新性未突出
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::content::
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- **核心问题**：所提出的新方法（基于MCMC拟合单峰/双峰分布推断次级分歧时间）缺乏清晰、系统的阐述。
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- **具体建议**：
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- 明确说明新方法相较于现有方法（如 D3 test, PhyloNet 等）的**主要优势**（例如是否能同时识别introgressed基因并估计introgression发生时间？）。
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- 在**摘要、引言、方法、讨论**各部分突出方法的创新点，而非仅模糊称为“MCMC拟合模型”。
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- 澄清关键术语与参数含义（如 Line 320/356 中的 “r” 是什么速率？Line 353 的“偏差”指什么？）。
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- 解释“组合比例”（combination ratio）和“分类因子”（classification factor）如何计算或估计。
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- 说明用于判断单峰 vs. 双峰分布优劣的**统计检验方法**（如 AIC、BIC、Bayes因子等）。
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- **解决方案：**
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- 论文文字修改：模型描述改进
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- ==开发分布优劣的统计检验方法==
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color: emerald
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title: 方法验证不足
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::title::
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# 方法验证不足
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::content::
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- **核心问题**：仅在一个小型植物类群（Hippophae，10个种）中应用，缺乏普适性验证。
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- **具体建议**：
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- 增加**模拟数据实验**，验证方法在不同introgression强度、重复事件、ILS水平下的表现。
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- 或至少在**其他真实数据集**（不同类群）中测试方法，证明其可推广性。
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- 讨论方法的**适用范围与局限性**（如是否适用于大规模物种？能否处理多次introgression？）。
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- **解决方案：**
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- ==bpp模拟数据实验==
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- ==添加其他真实数据集模拟（蛇）==
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layout: top-title
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color: emerald
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title: 系统发育与分化时间推断存在潜在偏差
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::title::
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# 系统发育与分化时间推断存在潜在偏差
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::content::
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- **核心问题**：分化时间估计可能受取样策略和模型选择影响。
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- **具体建议**：
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- 检查是否所有基因树具有**一致的分类单元取样**；若不一致，需说明如何校正由此带来的年龄估计偏差。
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- 质疑使用**Yule过程**作为先验（尤其当包含种内样本与远缘类群时），建议考虑更合适的物种形成模型。
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- 说明**核苷酸替代模型（如HKY）的选择依据**，是否进行过模型选择（如jModelTest, ModelFinder等）。
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- 澄清图1与图4中**分化时间估计差异的原因**，评估其对introgression时间推断的影响。
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- **解决方案：**
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- ==使用MCMCTree替代beast做分化时间计算，可以直接使用更好的替代模型==
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- ==使用少量基因验证yule过程作为物种形成模型的合理性==
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- 论文文字修改：增加对基因树取样一致性和物种形成模型选择的讨论
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color: emerald
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title: 数据处理与结果解释需加强严谨性
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::title::
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# 数据处理与结果解释需加强严谨性
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::content::
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- **核心问题**：从3149个单拷贝基因中仅保留177个“可靠”基因，可能导致结果偏倚。
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- **具体建议**：
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- 明确“可靠基因”的筛选标准（高bootstrap支持 ≠ 正确），建议改称“informative genes”。
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- 强调所识别的64个introgressed基因**不代表全基因组水平的introgression比例**，因多拷贝或功能重要基因可能被过滤掉。
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- 对这64个基因进行**功能注释分析**，探讨其生物学意义。
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- 排除**污染**作为introgression信号来源的可能性（如通过检查reads mapping、组织来源等）。
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- **解决方案：**
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- ==探索模型是否可能涵盖低支持度的基因，并在后续评估informative genes结果是否与之相近，能否替代==
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layout: top-title
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color: emerald
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title: 材料与可重复性问题
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::title::
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# 材料与可重复性问题
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::content::
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- **核心问题**：缺乏关键实验细节和代码共享。
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- **具体建议**：
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- 提供**新方法的完整代码**（如GitHub链接），确保他人可复现。
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- 补充**凭证标本信息**（采集号、保存的标本馆）。
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- 将原始测序数据（raw reads）提交至**SRA**，而非作为补充材料；补充材料应包含组装后的转录本、CDS、蛋白序列等，并拆分为小于1GB的压缩包。
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- **解决方案：**
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- ==从头分析，备份完整代码与中间文件==
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||||
- ==使用rstan重新实现MCMC模型，方便提交代码==
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@@ -0,0 +1,150 @@
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layout: section
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color: navy
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<div class="w-7/10 mx-auto text-center">
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## 技术路线与分析进展
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当前分析进展情况
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layout: side-title
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color: navy
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align: rm-lm
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titlewidth: is-3
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title: 技术路线图（上）
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::title::
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# 技术路线图（上）
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::content::
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```mermaid
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flowchart TD
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classDef default fill:#ECF5FF,stroke:#409eff,stroke-width:2px,color:#409eff;
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classDef done fill:#F0F9EB,stroke:#67c23a,stroke-width:2px,color:#67c23a;
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||||
classDef warn fill:#FDF6EC,stroke:#e6a23c,stroke-width:2px,color:#e6a23c
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subgraph subgraph1[Step1. 数据预处理与组装]
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direction LR
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RawData[原始数据，来自sra]:::warn --> CleanData[数据清洗与质控，Fastp]:::done
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CleanData -- 沙棘样品，有参 --> AlignData[比对到参考基因组，Hisat2]:::done
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AlignData --> Assembly[组装成转录本，Trinity]:::done
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CleanData -- 胡颓子，无参 --> Assembly[组装成转录本，使用N50和busco评估组装结果，Trinity]:::done
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end
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subgraph subgraph2[Step2. 同源基因集聚类]
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direction LR
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ass[转录本]:::warn --> CDS[预测CDS，抽取最长转录本的最长ORF作为输入CDS，TransDecoder]:::done
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CDS --> reducedCDS[单样本CDS序列去冗余，CD-HIT]:::done
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reducedCDS --> ortho[基因家族聚类得到低拷贝同源基因集，OrthoFinder]:::done
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ortho --> homolog[将枣的同源基因整合到低拷贝同源基因集中, hmmer]:::done
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end
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subgraph subgraph3[Step3. 基因集筛选与基因树]
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direction LR
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homo[低拷贝同源基因集]:::warn --> alignment[基于蛋白序列比对，mafft/pal2nal<br>修剪比对序列，trimAl]:::done
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alignment --> treeshrink[fasttree快速构树，基于长枝吸引（treeshrink）和比对序列长度过滤基因集]:::done
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treeshrink --> modeltest[序列进化模型检验，modeltest-ng]:::done
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modeltest --> raxml[构建ML单基因树]:::done
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modeltest --> mrbayes[构建BP单基因树]:::done
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raxml --> trees[根据mrbayes的结果收敛性筛选基因树与对应序列]:::done
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mrbayes --> trees
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end
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subgraph subgraph4[Step4. 物种系统发育关系]
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direction LR
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tree[过滤后单基因树与对应序列]:::warn -- 单基因ML树 --> coalescence[溯祖关系树, Aster]
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tree -- 单基因ML树 --> phyparts[基因树不一致性展示]
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tree -- 单基因序列 --> concatenation[串联关系树，iqtree3]
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tree -- 单基因的mrbayes分析结果 --> CFs[基因树一致性因子，BUCKy]:::done
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CFs --> network[系统发育网络，SNAQ]:::done
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coalescence --> network
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end
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subgraph note[节点说明]
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direction TB
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done[已完成分析]:::done
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warn[重要中间数据]:::warn
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default[未完成分析]
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end
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subgraph1 --> subgraph2
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subgraph2 --> subgraph3
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subgraph3 --> subgraph4
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subgraph4 ~~~ note
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```
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layout: side-title
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color: navy
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align: rm-lm
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titlewidth: is-3
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title: 技术路线图（下）
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::title::
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# 技术路线图（下）
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::content::
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```mermaid
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flowchart TD
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classDef default fill:#ECF5FF,stroke:#409eff,stroke-width:2px,color:#409eff;
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||||
classDef done fill:#F0F9EB,stroke:#67c23a,stroke-width:2px,color:#67c23a;
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||||
classDef warn fill:#FDF6EC,stroke:#e6a23c,stroke-width:2px,color:#e6a23c
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subgraph subgraph5[Step5. 叶绿体系统发育关系]
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direction LR
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cleanData[Clean Reads]:::done --> alignCp[比对到参考叶绿体基因组，hisat2]:::done
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alignCp --> callExon[提取比对上的外显子序列，samtools]
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callExon --> cpTree[串联高质量的exon片段，构建叶绿体基因组系统发育树，iqtree3]
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cpTree --> divergence[估算叶绿体基因组分歧时间，beast]
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end
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subgraph subgraph6[Step6. 沙棘模型分析]
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direction LR
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genes[筛选得到的低拷贝同源基因集]:::warn --> filterGenes[基于ml树筛选基因集用于后续模型]
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filterGenes --> mcmcTree[使用mcmctree估算分化时间]
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mcmcTree --> fitModel[使用模型拟合种间分化时间分布]
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fitModel --> integrate[整合不同模型结果得到最终分化时间估计]
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end
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subgraph subgraph7[Step7. bpp模拟模型分析]
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direction LR
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bpp[使用bpp进行溯祖模拟得到基因集]:::warn --> mcmcTreeBPP[使用mcmctree估算分化时间]
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||||
mcmcTreeBPP --> fitModelBPP[使用模型拟合种间分化时间分布]
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||||
fitModelBPP --> integrateBPP[整合不同模型结果得到最终分化时间估计]
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||||
end
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subgraph subgraph8[Step8. 蛇数据分析]
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direction LR
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snakeData[蛇数据]:::warn --> mcmcTreeSnake[使用mcmctree估算分化时间]
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mcmcTreeSnake --> fitModelSnake[使用模型拟合种间分化时间分布]
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||||
fitModelSnake --> integrateSnake[整合不同模型结果得到最终分化时间估计]
|
||||
end
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subgraph note[节点说明]
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direction TB
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done[已完成分析]:::done
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||||
warn[重要中间数据]:::warn
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default[未完成分析]
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||||
end
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subgraph5 --> subgraph6
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subgraph6 --> subgraph7
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subgraph7 --> subgraph8
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||||
subgraph8 ~~~ note
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```
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@@ -0,0 +1,23 @@
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theme: neversink
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title: 论文修改进展|2025.12.13
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colorSchema: light
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layout: cover
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routerMode: hash
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transition: fade
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# 论文修改进展
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#### 2025.12.13
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src: ./pages/审稿意见与解决方案.md
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title: 审稿意见与解决方案
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src: ./pages/技术路线.md
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title: 技术路线与分析进展
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Reference in New Issue
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