更新脚本和配置，修复 BUCKy 版本检查逻辑，调整 RAxML 脚本参数，增加 cairosvg 依赖，并更新 pixi.lock 文件以反映新依赖。

2025-12-24 09:00:15 +08:00
parent e467d67723
commit 316017a575
7 changed files with 83 additions and 12 deletions
@@ -16,5 +16,5 @@ mkdir -p "$outdir"
 modeltest-ng -p "$threads" -r 12345 --force -i "$aln" -d nt -t ml -o "$out".modeltest
 # run raxml-ng
 cmd=$(grep "raxml-ng" "$out".modeltest.out | tail -n 1 | sed 's/> //')
-params="--all --bs-trees 1000 --outgroup $outgroup --redo --threads $threads --seed 12345 --prefix $out"
+params="--blopt nr_safe --all --bs-trees 1000 --outgroup $outgroup --redo --threads $threads --seed 12345 --prefix $out"
 bash -c "$cmd $params" >/dev/null