更新 .gitignore，添加 06.gene_trees 目录；重构 macse.sh 脚本，移除 fs_lr 参数；删除多个不再使用的脚本；添加 check_frameshift.py 和 get_og_seqs.py 脚本以处理阅读框移位和提取单拷贝OG序列；更新 pixi.toml 和 pixi.lock 文件以添加 paml 依赖。

99.scripts/miscs/macse.sh

@@ -1,7 +1,5 @@
 #! /bin/bash
 
-FS_LR=7
-
 if [ "$#" -ne 3 ]; then
     echo "Usage: $0 <reliable_seq> <less_reliable_seq> <stem>"
     echo "Perform MACSE alignment on given sequences"
@@ -16,7 +14,7 @@ stem=$3
     echo "Command:"
     echo "macse -prog alignSequences -seq $seq -seq_lr ${seq_lr}"
     echo "      -out_NT ${stem}.nal -out_AA ${stem}.pal"
-    echo "      -optim 2 -max_refine_iter 3 -local_realign_init 0.2 -fs_lr $FS_LR"
+    echo "      -optim 2 -max_refine_iter 3 -local_realign_init 0.2"
 } >alignSequences.log
 macse -prog alignSequences \
     -seq "$seq" -seq_lr "${seq_lr}" \
@@ -24,5 +22,4 @@ macse -prog alignSequences \
     -optim 2 \
     -max_refine_iter 3 \
     -local_realign_init 0.2 \
-    -fs_lr $FS_LR \
     >>alignSequences.log 2>&1