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########################## Trinity PBS job submission with multi part dependencies ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
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### Version 1.0
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### Chrysalis P3 script (only run if Chrysalis P3 has not completed)
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if [[ $MEM_P3 =~ ^([0-9]+) ]]; then
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let MEM_BASE="${BASH_REMATCH[1]}"
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let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-5
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if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
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let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-2
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if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
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echo "Memory requested for MEM_P3 is too low. Ask for at least 5 gigabytes"
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exit 1
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fi
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fi
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ALIGN_MEM="$ALIGN_MEM"G
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else
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echo No memory given: "$MEM_P3"
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exit 1
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fi
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JOBSTRING3=""$HASHBANG"
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"$NODESCPUS"
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cd "$OUTPUTDIR"
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ulimit -s unlimited
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export OMP_NUM_THREADS="$NCPU_P3"
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export KMP_AFFINITY=scatter
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# this runs Chrysalis::ReadsToTranscripts if it has not completed in the previous step
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"$STANDARD_JOB_DETAILS" --JM "$ALIGN_MEM" --CPU "$NCPU_P3" --no_run_quantifygraph
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"
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# Write the JOBSTRING3 to a file for later execution
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echo "${JOBSTRING3}" | cat -> ""$JOBNAME3".sh"
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