agent 316017a575 更新脚本和配置，修复 BUCKy 版本检查逻辑，调整 RAxML 脚本参数，增加 cairosvg 依赖，并更新 pixi.lock 文件以反映新依赖。

2025-12-24 09:00:15 +08:00

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2025-11-25 00:28:51 +08:00

plastid

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bucky.pl

更新脚本和配置，修复 BUCKy 版本检查逻辑，调整 RAxML 脚本参数，增加 cairosvg 依赖，并更新 pixi.lock 文件以反映新依赖。

2025-12-24 09:00:15 +08:00

check_and_translate_outgroup_cds.py

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check_frameshift.py

更新 .gitignore，添加 06.gene_trees 目录；重构 macse.sh 脚本，移除 fs_lr 参数；删除多个不再使用的脚本；添加 check_frameshift.py 和 get_og_seqs.py 脚本以处理阅读框移位和提取单拷贝OG序列；更新 pixi.toml 和 pixi.lock 文件以添加 paml 依赖。

2025-12-20 01:57:25 +08:00

get_og_seqs.py

更新 .gitignore，添加 06.gene_trees 目录；重构 macse.sh 脚本，移除 fs_lr 参数；删除多个不再使用的脚本；添加 check_frameshift.py 和 get_og_seqs.py 脚本以处理阅读框移位和提取单拷贝OG序列；更新 pixi.toml 和 pixi.lock 文件以添加 paml 依赖。

2025-12-20 01:57:25 +08:00

get_primary_cds.py

更新 .gitignore，添加 06.gene_trees 目录；重构 macse.sh 脚本，移除 fs_lr 参数；删除多个不再使用的脚本；添加 check_frameshift.py 和 get_og_seqs.py 脚本以处理阅读框移位和提取单拷贝OG序列；更新 pixi.toml 和 pixi.lock 文件以添加 paml 依赖。

2025-12-20 01:57:25 +08:00

hmmsearch_result_to_new_ogs_dir.py

Add Vercel configuration for rewrites and build settings

2025-12-17 17:47:45 +08:00

macse.sh

更新 .gitignore，添加 06.gene_trees 目录；重构 macse.sh 脚本，移除 fs_lr 参数；删除多个不再使用的脚本；添加 check_frameshift.py 和 get_og_seqs.py 脚本以处理阅读框移位和提取单拷贝OG序列；更新 pixi.toml 和 pixi.lock 文件以添加 paml 依赖。

2025-12-20 01:57:25 +08:00

mbblock.txt

Add scripts for phylogenetic analysis using MrBayes and RAxML

2025-12-20 23:33:05 +08:00

mrbayes.sh

Add scripts for phylogenetic analysis using MrBayes and RAxML

2025-12-20 23:33:05 +08:00

ogs_list_to_ogs_fasta.py

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2025-11-25 00:28:51 +08:00

phypartspiecharts.py

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2025-11-25 00:28:51 +08:00

raxml.sh

更新脚本和配置，修复 BUCKy 版本检查逻辑，调整 RAxML 脚本参数，增加 cairosvg 依赖，并更新 pixi.lock 文件以反映新依赖。

2025-12-24 09:00:15 +08:00

rename_trinity_fasta.py

Add Vercel configuration for rewrites and build settings

2025-12-17 17:47:45 +08:00