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########################## Trinity PBS job submission with multi part dependencies ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
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### Version 1.0
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### Chrysalis P2 script
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if [[ $MEM_P2 =~ ^([0-9]+) ]]; then
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let MEM_BASE="${BASH_REMATCH[1]}"
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let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-5
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if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
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let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-2
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if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
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echo "Memory requested for MEM_P2 is too low. Ask for at least 5 gigabytes"
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exit 1
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fi
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fi
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ALIGN_MEM="$ALIGN_MEM"G
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else
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echo No memory given: "$MEM_P2"
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exit 1
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fi
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JOBSTRING2=""$HASHBANG"
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"$NODESCPUS"
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cd "$OUTPUTDIR"
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# set stack size to unlimited for Chrysalis (part 1)
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ulimit -s unlimited
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export OMP_NUM_THREADS="$NCPU_P2"
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export KMP_AFFINITY=scatter
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# this runs Chrysalis::GraphFromFasta and maybe Chrysalis::GraphFromFasta if there is still walltime
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"$STANDARD_JOB_DETAILS" --JM "$ALIGN_MEM" --CPU "$NCPU_P2" --no_run_quantifygraph
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"
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# Write the JOBSTRING2 to a file for later execution
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echo "${JOBSTRING2}" | cat -> ""$JOBNAME2".sh"
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