30 lines
1.4 KiB
Plaintext
30 lines
1.4 KiB
Plaintext
##################################################################################################################################
|
|
########################## ########################################
|
|
########################## Trinity PBS job submission with multi part dependencies ########################################
|
|
########################## ########################################
|
|
##################################################################################################################################
|
|
### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
|
|
### Version 1.0
|
|
### Inchworm P1 script
|
|
##################################################################################################################################
|
|
|
|
if [[ $MEM_P1 =~ ^([0-9]+) ]]; then
|
|
let MEM_BASE="${BASH_REMATCH[1]}"
|
|
JM_MEM="$MEM_BASE"G
|
|
else
|
|
echo No memory given for kmer counter: "$MEM_P1"
|
|
exit 1
|
|
fi
|
|
|
|
JOBSTRING1=""$HASHBANG"
|
|
"$NODESCPUS"
|
|
|
|
cd "$OUTPUTDIR"
|
|
export OMP_NUM_THREADS="$NCPU_P1"
|
|
export KMP_AFFINITY=compact
|
|
# this runs Inchworm only
|
|
"$STANDARD_JOB_DETAILS" --JM "$JM_MEM" --CPU "$NCPU_P1" --no_run_chrysalis
|
|
"
|
|
# Write the JOBSTRING1 to a file for later execution
|
|
echo "${JOBSTRING1}" | cat -> ""$JOBNAME1".sh"
|