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########################## Trinity PBS job submission with multi part dependencies ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
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### Version 1.0
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### Butterfly p5b Script
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JOBSTRING5b=""$HASHBANG"
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"$NODESCPUS"
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if [[ ! \$JOB_INDEX_PADDED ]];then
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echo \"Error: not a proper submission\"
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exit 255
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fi
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echo \"Processing butterfly_commands index \$JOB_INDEX_PADDED \"
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cd "$OUTPUTDIR"
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export OMP_NUM_THREADS=1
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COREFILENAME=""$OUTPUTDIR"/chrysalis/butterfly_commands.pbs"
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MYJOBB=\$COREFILENAME.\$JOB_INDEX_PADDED
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JOB_FILESIZE=\$(stat -c%s \"\$MYJOBB\")
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if [ -s \"\$MYJOBB.completed\" ] ; then
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JOB_COMPLETED_FILESIZE=\$(stat -c%s \"\$MYJOBB.completed\")
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if [ \"$JOB_FILESIZE\" != \"\$JOB_COMPLETED_FILESIZE\" ] ; then
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trap \" echo \\\"Please check \$MYJOBB Butterfly processes had enough walltime.\\\"; exit 255 \" INT TERM
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"$TRINITYPATH"/trinity-plugins/parafly/bin/ParaFly -CPU "$NCPU_P5" -v -failed_cmds \$MYJOBB.failed -c \$MYJOBB
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trap - INT TERM EXIT
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fi
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else
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trap \" echo \\\"Please check \$MYJOBB Butterfly processes had enough walltime.\\\"; exit 255 \" INT TERM
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"$TRINITYPATH"/trinity-plugins/parafly/bin/ParaFly -CPU "$NCPU_P5" -v -failed_cmds \$MYJOBB.failed -c \$MYJOBB
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trap - INT TERM EXIT
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fi
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exit
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"
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# Write the above script to a file for later execution
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echo "${JOBSTRING5b}" | cat -> "$JOBPREFIX"_p5b.sh
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