IvisTang e467d67723 Add scripts for phylogenetic analysis using MrBayes and RAxML ... - Created `mbblock.txt` for MrBayes configuration. - Implemented `mrbayes.sh` to convert FASTA to Nexus and run MrBayes. - Developed `raxml.sh` to run modeltest-ng and raxml-ng on alignments. - Added `04.filter_ogs.sh` to filter orthologous groups based on taxon count and sequence length. - Implemented `01.run_mrbayes.sh` to execute MrBayes for multiple FASTA files. - Created `02.mbsum.sh` to summarize MrBayes output while skipping high DSF analyses. - Developed `03.run_raxml.sh` to run raxml-ng on filtered alignments.		2025-12-20 23:33:05 +08:00
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01.macse_align.sh	更新 .gitignore，添加 06.gene_trees 目录；重构 macse.sh 脚本，移除 fs_lr 参数；删除多个不再使用的脚本；添加 check_frameshift.py 和 get_og_seqs.py 脚本以处理阅读框移位和提取单拷贝OG序列；更新 pixi.toml 和 pixi.lock 文件以添加 paml 依赖。	2025-12-20 01:57:25 +08:00
02.trim_alignment.sh	更新 .gitignore，添加 06.gene_trees 目录；重构 macse.sh 脚本，移除 fs_lr 参数；删除多个不再使用的脚本；添加 check_frameshift.py 和 get_og_seqs.py 脚本以处理阅读框移位和提取单拷贝OG序列；更新 pixi.toml 和 pixi.lock 文件以添加 paml 依赖。	2025-12-20 01:57:25 +08:00
03.treeshrink.sh	更新 .gitignore，添加 06.gene_trees 目录；重构 macse.sh 脚本，移除 fs_lr 参数；删除多个不再使用的脚本；添加 check_frameshift.py 和 get_og_seqs.py 脚本以处理阅读框移位和提取单拷贝OG序列；更新 pixi.toml 和 pixi.lock 文件以添加 paml 依赖。	2025-12-20 01:57:25 +08:00
04.filter_ogs.sh	Add scripts for phylogenetic analysis using MrBayes and RAxML	2025-12-20 23:33:05 +08:00