agent 316017a575 更新脚本和配置，修复 BUCKy 版本检查逻辑，调整 RAxML 脚本参数，增加 cairosvg 依赖，并更新 pixi.lock 文件以反映新依赖。

2025-12-24 09:00:15 +08:00

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orthology_inference

Add scripts for phylogenetic analysis using MrBayes and RAxML

2025-12-20 23:33:05 +08:00

phylogeny_reconstruction

更新脚本和配置，修复 BUCKy 版本检查逻辑，调整 RAxML 脚本参数，增加 cairosvg 依赖，并更新 pixi.lock 文件以反映新依赖。

2025-12-24 09:00:15 +08:00

plastid

更新 .gitignore，添加 run.status.json；删除旧的 mapping.sh 脚本并添加新的 01.mapping.sh 脚本

2025-12-17 23:27:49 +08:00

transcripts_assembly

Add Vercel configuration for rewrites and build settings

2025-12-17 17:47:45 +08:00