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审稿意见与解决方案

仅列出涉及到流程或数据方面的审稿意见及解决方案

layout: top-title color: emerald title: 方法学描述不清与创新性未突出

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方法学描述不清与创新性未突出

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核心问题：所提出的新方法（基于MCMC拟合单峰/双峰分布推断次级分歧时间）缺乏清晰、系统的阐述。
具体建议：
- 明确说明新方法相较于现有方法（如 D3 test, PhyloNet 等）的主要优势（例如是否能同时识别introgressed基因并估计introgression发生时间？）。
- 在摘要、引言、方法、讨论各部分突出方法的创新点，而非仅模糊称为“MCMC拟合模型”。
- 澄清关键术语与参数含义（如 Line 320/356 中的 “r” 是什么速率？Line 353 的“偏差”指什么？）。
- 解释“组合比例”（combination ratio）和“分类因子”（classification factor）如何计算或估计。
- 说明用于判断单峰 vs. 双峰分布优劣的统计检验方法（如 AIC、BIC、Bayes因子等）。
解决方案：
- 论文文字修改：模型描述改进
- ==开发分布优劣的统计检验方法==

layout: top-title color: emerald title: 方法验证不足

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方法验证不足

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核心问题：仅在一个小型植物类群（Hippophae，10个种）中应用，缺乏普适性验证。
具体建议：
- 增加模拟数据实验，验证方法在不同introgression强度、重复事件、ILS水平下的表现。
- 或至少在其他真实数据集（不同类群）中测试方法，证明其可推广性。
- 讨论方法的适用范围与局限性（如是否适用于大规模物种？能否处理多次introgression？）。
解决方案：
- ==bpp模拟数据实验==
- ==添加其他真实数据集模拟（蛇）==

layout: top-title color: emerald title: 系统发育与分化时间推断存在潜在偏差

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系统发育与分化时间推断存在潜在偏差

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核心问题：分化时间估计可能受取样策略和模型选择影响。
具体建议：
- 检查是否所有基因树具有一致的分类单元取样；若不一致，需说明如何校正由此带来的年龄估计偏差。
- 质疑使用Yule过程作为先验（尤其当包含种内样本与远缘类群时），建议考虑更合适的物种形成模型。
- 说明核苷酸替代模型（如HKY）的选择依据，是否进行过模型选择（如jModelTest, ModelFinder等）。
- 澄清图1与图4中分化时间估计差异的原因，评估其对introgression时间推断的影响。
解决方案：
- ==使用MCMCTree替代beast做分化时间计算，可以直接使用更好的替代模型==
- ==使用少量基因验证yule过程作为物种形成模型的合理性==
- 论文文字修改：增加对基因树取样一致性和物种形成模型选择的讨论

layout: top-title color: emerald title: 数据处理与结果解释需加强严谨性

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数据处理与结果解释需加强严谨性

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核心问题：从3149个单拷贝基因中仅保留177个“可靠”基因，可能导致结果偏倚。
具体建议：
- 明确“可靠基因”的筛选标准（高bootstrap支持 ≠ 正确），建议改称“informative genes”。
- 强调所识别的64个introgressed基因不代表全基因组水平的introgression比例，因多拷贝或功能重要基因可能被过滤掉。
- 对这64个基因进行功能注释分析，探讨其生物学意义。
- 排除污染作为introgression信号来源的可能性（如通过检查reads mapping、组织来源等）。
解决方案：
- ==探索模型是否可能涵盖低支持度的基因，并在后续评估informative genes结果是否与之相近，能否替代==

layout: top-title color: emerald title: 材料与可重复性问题

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材料与可重复性问题

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核心问题：缺乏关键实验细节和代码共享。
具体建议：
- 提供新方法的完整代码（如GitHub链接），确保他人可复现。
- 补充凭证标本信息（采集号、保存的标本馆）。
- 将原始测序数据（raw reads）提交至SRA，而非作为补充材料；补充材料应包含组装后的转录本、CDS、蛋白序列等，并拆分为小于1GB的压缩包。
解决方案：
- ==从头分析，备份完整代码与中间文件==
- ==使用rstan重新实现MCMC模型，方便提交代码==